Непосредственно в ходе боевых действий данные о потерях югославской армии объявлялись лишь дважды – 25 марта 1999 года было объявлено о потерях в Армии Югославии в целом (10 погибших, 38 раненых и один пропавший без вести) и 29 марта 1999 года на первой пресс-конференции генерала Смилайнича было объявлено о потерях в ВВС и ПВО Югославии (7 погибших и 17 раненых).
Только весной 2000 года в книге «Герои Отечества» («Junaci Otazbine») были опубликованы окончательные данные по потерям Армии Югославии и МВД Сербии в ходе боевых действий 1998-1999 гг., всего погибло 1 002 человека, в том числе 324 погибших относятся к МВД. Большинство погибло в боях с албанскими боевиками и значительно меньшая часть – в результате действий авиации НАТО.
Потери ВВС и ПВО составили 39 погибших: 12 офицеров, 9 сержантов , 3 солдата-контрактника, 6 солдат-призывников и 9 резервистов. Ранено 110 военнослужащих, в том числе 19 офицеров, 24 сержанта, 11 контрактников, 44 резервиста и 2 гражданских служащих Армии Югославии.
Соотношение тяжело и легкораненых составило 46 к 64. Из числа погибших военнослужащих ВВС и ПВО лишь два бойца 63-й парашютной бригады погибли в боях с албанскими боевиками, остальные погибли в результате действий авиации НАТО. Из числа раненых лишь пятеро из 110 были ранены албанскими боевиками.
Структура потерь ВВС и ПВО значительно отличается от потерь армии – так как здесь погиб один генерал, занимавший пост заместителя начальника Генерального Штаба по ВВС и ПВО (генерал-полковник Любиша Величкович), один командир полка (командир 204-го истребительного полка полковник Миленко Павлович), один командир эскадрильи (командир 241-й истребительно-бомбардировочной эскадрильи подполковник Живота Джурич), несколько командиров ракетных батарей.
В плане потерь военной техники сухопутных войск, по первым оценкам Министерства Обороны США Армия Югославии якобы потеряла 120 танков, 220 прочих бронемашин и 450 артиллерийских орудий. Оценки Европейского командования SHAPE от 11 сентября 1999 были чуть менее оптимистичны – 93 уничтоженных танка , 153 различных бронемашин и 389 артиллерийских орудий.
Непосредственно после завершения боевых действий командующий 3-й Армией генерал Павкович суммировал материальные потери своих войск: 13 танков (в том числе 7 от действий авиации), 6 бронетранспортеров, 8 артиллерийских орудий, 19 зенитных орудий и один радар. По другим данным – информации Приштинского корпуса из состава корпуса уничтожено 13 танков (7 из них ударами с воздуха), 4 БМП, 2 бронемашины БОВ, 3 самоходки, 6 гаубиц, 10 зенитных орудий. В декабре 1999 года заместитель начальника Генерального Штаба генерал Пантелич заявил: «наши общие потери 18 танков, 10 бронетранспортеров, 13 артиллерийских орудий…»
Специальная американская комиссия (Allied Force Munitions Assessment Team), направленная в Косово в 2000 году обнаружила там следующую уничтоженную югославскую технику: 14 танков, 18 бронетранспортеров и 20 артиллерийских орудий и минометов.
Так как война Югославии и НАТО была в первую очередь воздушной, материальные потери ВВС и ПВО Югославии значительно превосходят потери сухопутных войск.
По официальной оценке собственных потерь ВВС Югославии от сентября 1999 года «безвозвратные» потери составили 156 летательных аппаратов (7 из них – в воздухе) и еще 20 можно отремонтировать – итого 176.
Командующий ВВС и ПВО генерала Смилайнич указывает следующие цифры: уничтожено 127 летательных аппаратов, из них 119 на земле и 8 в воздухе, повреждено 50 летательных аппаратов (1 в воздухе) – итого 177. Из 50 поврежденных летательных аппаратов после ремонта вернулись в строй 17 (15 самолетов и 2 вертолета), так что безвозвратные потери составили 151 летательный аппарат или 41,09%.
Структура потерь ВВС такова: 36 истребителей (10 МиГ-29, 1 двухместный МиГ-29УБ, 16 МиГ-21 Бис, 3 двухместных МиГ-21 итого 19 самолетов из 83-го полка и 17 из 204-го), 43 истребителя-бомбардировщика «Орао» и «Галеб G4», 2 МиГ-21 в разведывательной версии, 7 транспортных самолетов «Ан», 13 вертолетов всех типов (в том числе два Ка-25 и три Ми-14PL), 26 учебных самолетов «Галеб G 2», «Галеб G4» и «Утва 75». Повреждения получили 28 истребителей, 15 истребителей-бомбардировщиков, 2транспортных самолета, 1 разведчик и 4 вертолета.
В ракетных подразделениях ПВО в системе «Нева» уничтожено 8 и повреждено 6 станций наведения ракет, 3 из которых возможно отремонтировать. Уничтожена одна и повреждены две пусковые рампы, одну из которых возможно отремонтировать. У системы «Куб» уничтожено 5 и повреждено 4 радарные станции наведения и управления (RSTON) c возможностью восстановления всех поврежденных станций. Повреждены 4 обзорных радара с возможностью ремонта всех. Уничтожено 4 и повреждено 3 самоходных пусковых установки, также с возможностью ремонта. Уничтожено 2 зенитных орудия L-40 «Бофорс» и 5 трехствольных 20/3 мм.
По другим данным потери средств ПВО составили: радары П-15 (3 уничтожены и 2 повреждены), П-18 (1/1), П-12 (3/2), радарные станции наблюдения и наведения 1S91M2 (5/10), кабины УНВ-М (9/4), кабины управления УНК-М (3/7), РКУ-Н (5/6), самоходные пусковые установки «Куб» (3/4), пусковые рампы «Нева» (1/0), ПРМ (1/1), УВ -600 (0/1),средства командования и управления огнем: УППЦ (0/2), УКУВ (1/0), радары РПВ -16 (0/2), ОАR – 1 RL-128D -1 (0/4), ракеты для комплекса «Нева» (122/5), «Куб» (9/0), автомобили (33/7), кабина комплекса «Двина» (0/1), зенитные орудия L-70 (3/4), зенитные орудия 20/3 (6/0).
В Армии Югославии были уничтожены следующие зенитные орудия: 16 20/1 мм, 17 20/3 мм, 4 БОВ-3, 1 30/2 «Прага», 1 ЗСУ – 57/2, 3 L-70 «Бофорс», повреждено 6 орудий 20/3 мм , 4 L-70 и 1 БОВ-3.
Из первоначально имевшихся 17 подразделений Воздушного наблюдения, оповещения и наведения (VOJIN) – 9 рот и 8 взводов было выбито 14 (82,3%) из них шесть полностью уничтожены (4 роты и два взвода). Уничтожены 17 радаров, 15 из которых из состава 126 бригады воздушного наблюдения оповещения и наведения и два радара П-15, относящихся к 1-й армии. Восемь подразделений (3 роты и 5 взводов) с 19 радарами получили различные повреждения
Потери радарной техники 126-й бригады воздушного наблюдения оповещения и наведения (VOJIN) распределялись следующим образом:
– 1-я рота 20-го батальона – С-613 (рег.номер 024) – Пазова
– 2-я рота 20-го батальона – П-14 и ПРВ-11 (рег. номера 752115 и 112929) – Качарево
– 3-я рота 20-го батальона – AN/TPS-70 (1001) – Голийска река
– 4-я рота 20-го батальон а- AN/TPS-70 (1003) – Китка
– 1-й взвод 20-го батальона – AN/TPS-70 (A3B3) – Владимирцы
– 1-я рота 31-го батальона – S-1020, S-1017 (007 и 035) – Копаоник
– 2-ярота 31-го батальона – S-5016М, S-5016С (011 и 014) – Златибор
– 3-я рота 31-го батальона – S-613, S-1017 (023 и 027) – Пазова
– 4-я рота 31-го батальона S-5016М, S-5016Д (042 и 043) – Пасьяча
– 1-й взвод 31-го батальона AN/TPS-63 (A4B2)- Мальен
– 1-я рота 58-го батальона S-5016Д, S-613, S-5013, S-1016, S-1017, П-15 (029, 003, 023, 009, М-4444, /987640/) – Црни рт
– 1-й взвод 58-го батальона – S-5016М (006) – Мокра гора
– батальон авиационно-технического обеспечения – S-1016 (010) – Пазова
– Из состава 1-й Армии – П-15 (М-3034) – Ульцинь
– Из состава 1-й Армии – П-15 (К-1865) – Парачин
В результате авиаударов НАТО на складах уничтожено 803 ракеты воздух-воздух (17%), 4116 ракет воздух-земля (6,4%), 449 авиабомб (2%), 107 000 единиц авиационных боеприпасов различных калибров (7%). Большая часть вооружений была уничтожена на складе в Станичком лесу входящем в состав приштинской 492-й авиабазы.
В результате ударов по складам было уничтожено 120 ракет В-601П (40 ракет на складе 2-го ракетно-технического дивизиона 250-й ракетной бригады ПВО в Сремчице, 80 ракет на складе 3-го ракетного дивизиона в Яково и 56 ракет на складе 2-го ракетного дивизиона в Панчево) ракетного комплекса «Нева» и 229 724 единиц боеприпасов зенитной артиллерии.
В ВВС и ПВО было уничтожено 90 транспортных средств (1,96%) и повреждено 56 (1,22%).
Из 1406 объектов атакам подверглись 958 (68%), уничтожено 527 (38%), 341 объект можно было восстановить. Уничтожено 100% ангаров и 74% зданий. Взлетно-посадочные полосы, рулежные дорожки и стоянки подверглись ударам 454 ракет и бомб.